1) Entre los temas institucionales básicos de toda agencia reguladora destaca siempre el de la autonomía o independencia del regulador, tanto respecto de las empresas reguladas o supervisadas como de los órganos políticos. Pero no siempre se pone de relieve cuáles deban ser las competencias mínimas de un regulador independiente. ¿Se puede hablar de verdaderos reguladores independientes al margen de cuáles sean las competencias que un organismo regulador tenga atribuidas?
2) ¿Hasta dónde llega o debe llegar exactamente la independencia de los reguladores frente al Poder Ejecutivo y el Poder Legislativo? ¿Pierden los Gobiernos toda posibilidad de intervenir en los ámbitos, sectores o materias sobre los que los reguladores ostentan competencias?
3) ¿Qué garantías debe comprender el proceso de selección y nombramiento de los máximos responsables de un regulador independiente? ¿Pueden intervenir el Poder Ejecutivo o el Legislativo? ¿Qué garantías deben darse en la remoción o cese?
4) En el ámbito comparado existen reguladores sectorialmente especializados y reguladores "multisectoriales" (transversales u horizontales). ¿Qué ventajas e inconvenientes tiene cada modelo?
5) Un aspecto crítico en el ámbito de la ética institucional es la prevención de los conflictos de intereses de los máximos responsables y del personal directivo y técnico de las agencias reguladoras. ¿Qué elementos debe comprender una buena regulación en materia de prevención de conflictos de intereses?