El mayor desafío que impuso la pandemia fue la falta de conocimiento del virus respiratorio, no se sabia que era altamente transmitible y virulenta para la cual no existían contramedidas adecuadas y que no se esperó que este virus se convirtiera en pandemia. Los sistemas de salud del país no estábamos capacitados para afrontar la pandemia, en los hospitales hubo que hacer reformas estructurales en los centros hospitalarios, construir áreas para atender a la alta demanda de los pacientes y aislarlos de los demás pacientes que se encontraban internados por otras patologías clínicas, se crea a nivel país un centro especializado para los casos más graves ( CEACO), en los cuales salvo muchas vidas pero también se perdieron muchos seres queridos.
Hubo que invertir millones de colones en equipos como respiradores pulmonares, ya que los hospitales no estábamos preparados para cubrir tal demanda, ni los medicamentos necesarios para curar a los pacientes contagiados.
El ministerio de Salud enfrento un gran reto a nivel país, el conseguir las vacunas para toda la población nacional y que estuviera protegida ante el virus respiratorio que se propagaba con gran rapidez. El Ministerio de Salud logra vacunar a casi el 100% de su población, la población que no se vacuno fue por que de manera personal no quisieron acceder a la vacunas que eran gratuitas y estaban al alcance de toda la población costarricense.
Otro desafío que tuvimos en los centros de salud fue la capacitación a todo el personal de salud del manejo del paciente con COVID-19,desde como colocarse los trajes de protección personal, hasta como utilizar correctamente una mascarilla y guantes.
A nivel psicológico causo mucho estrés laboral y la situación de cuarentena causo estragos importantes en la salud física y mental de los funcionarios de la salud.