Entre los mayores desafíos impuestos por la pandemia Covid-19, destacaba la posible saturación de los centros de salud, esto asociado a la desinformación y a la resistencia y/o desinterés por la vacunación. Sin embargo, la población costarricense fue capaz de reflexionar al apreciar e identificarse con las vivencias de allegados e individuos en otras latitudes como en la India.
La priorización de los pacientes fue una realidad en muchos países, donde muchas veces se realizó en función de un enfoque utilitario, desplazando la no maleficencia y la beneficencia. Los grupos más vulnerables no solo en el ámbito de salud, fueron los más ultrajados por la pandemia, a pesar de los esfuerzos de organizaciones internacionales por minimizar la violación de sus derechos, concientizar a los Estados y crear proyectos para salvaguardar la vida de los mismos.
Otro desafío importante durante la campaña de inmunización y durante el manejo de la pandemia por parte de las autoridades, fue la gestión en la captación, manejo y análisis de la información obtenida diariamente. En Costa Rica, el sistema digital, tenía como limitante el acceso al internet en muchas zonas fuera de la GAM, lo que provocaba un retraso constante en los datos suministrados a la población, la toma de decisiones y repercutía en el personal exhausto, que debía sacar tiempo extra para tareas administrativas.